Просто наклеил толстый скотч на саму крышку багажника там, куда упирается резиновый уплотнитель. Это не вечно, но стук пропадает надолго, пока скотч не промнется настолько, что появляется опять люфт. Либо искать и экспериментировать с более длинными резиновыми упорами.