Если хруст появился ПОСЛЕ замены сцепления, значит накосячили с ним при сборке. Либо выжимной умер (хотя в таком случае на всех передачах будет какая-то шляпа). Если хруст был ДО замены - значит либо синхронизатор умер (если он там есть), либо надо менять наконечник троса КПП. У меня в какой-то момент внезапно начали плохо втыкаться некоторые передачи и ручка КПП перестала сама в нейтральное положение вставать. Вылечили заменой одного из наконечников, который на коробку приходит. Их там всего 2, оба разные. Поэтому лучше сначала на диагностику, чтобы выяснили какой из них "устал". Либо менять сразу оба комплектом. В моем случае я заказывал два, но заменили только один, т.к. еще живой оригинальный на вид был надежнее, чем тот что заказали. Мастер сказал - не будем трогать то, что и так работает.
Поэтому по степени простоты/дешевизны диагностики нужно проверить наконечники тросов, потом сами тросы чтобы не клинили (мне мастер их обслужил при замене наконечника). Ну если же там все ок, тогда проверять все ли нормально настроили при установки сцепы, и уже после - лезть проверять что там с коробкой.