Была похожая проблема, только у меня залило под ковриком заднего левого пассажира. Сначала понять не мог что капает перед задним левым колесом, смотрю вроде вода чистая, пошарил под днищем в том месте, нашел резиновую заглушку, чувствую из под нее капает, откупорил ее и оттуда воды чуть не полтора литра вытекло. Вскрыл полы - никаких дыр, к шлангу заднего омывателя без претензий т.к чистая вода капала, а у меня омывайка залита. В итоге вспомнил что до этого сильный дождь был с сильным боковым ветром от него походу и забивало под каким-то углом. И ещё заметил, у нас на порогах есть такие пластиковые накладки, они клипсами защелкиваются в две дырки в пороге, а эти дырки как раз и ведут в пространство под ковриком что у передних что у задних сидений. Так вот думаю при сильном ветре вода могла просачиваться через просевшие от времени резинки дверей и стекает вниз и через эти дырки попадает под коврик, потому что ковролин сверху сухой был, вся вода внутри. В итоге резинки новые жаба задавила покупать взял в старые вставил силиконовые трубки 8 мм, отчасти геморное занятие, но уплотнение хорошее дало, даже шума меньше стало от дверей, двери правда чуть с большим усилием надо закрывать. На всех порогах на клипсы поодевал уплотнительные колечки из велосипедной камеры. Не знаю что конкретно помогло, но больше протечек не было. Кстати чтоб просушить салон пришлось до металла снимать всю обивку и главное сушить поролон, он весь напитан водой был
